Órgano Tubular Monumental.-

La catedral posee un importante órgano tubular de 4600 flautas de principios del siglo XX de fabricación alemana en sustitución del antiguo órgano español del siglo XVIII del cual solo se conservan sus fachadas labradas en madera y que decoran al órgano electromecánico. En el mes de mayo se lleva a cabo el Festival Internacional de Órgano de Morelia como parte de la celebración del aniversario de la ciudad. El festival ha estado a cargo del decano y maestro el organista Alfonso Vega Núñez quien ha invitado a ejecutar conciertos a importantes organistas de todo del mundo, entre los que se destaca el francés Jean Guillou. Algunas de las presentaciones cuentan con la participación de la Orquesta Sinfónica del Estado de Michoacán.

Salas.-

Posee varias salas entre las que se encuentran la Sala Capitular, La Sacristía, entre otras, donde se encuentran antiguas pinturas y mobiliarios del siglo XVIII y XIX.
Salas:
Sala Sacristía.
Sala Capitular.

Capillas.-

La Catedral posee cuatro capillas, ubicadas al comienzo de las naves laterales, 2 capillas justamente debajo de las torres y las otras dos contiguas. Las capillas del lado oriente están dedicadas a la virgen de la Soledad y al Sagrario de la Catedral. Del lado poniente una está dedicada a la Sagrada Familia y la otra es una capilla funeraria que alberga sepulcros en mármol de Arzobispos.
Capillas:
Capilla del Sagrario.
Capilla de la Soledad.
Capilla de la Sagrada Familia o de los Mártires.
Capilla de San Jerónimo.

Naves.-

Nave Central: En el altar mayor se tiene un baldaquín, conformado por cuatro columnas que soportan una cúpula, y en su interior un manifestador de plata. Por detrás de éste, se encuentra un amplio coro para los canónigos, contrario a lo que ocurre en muchas otras catedrales, que dicho coro se encuentra en la parte central de la nave principal. Este hecho hace que la catedral de Morelia tenga amplio espacio para los feligreses en la nave principal. En la nave central se encuentra un pulpito realizado en madera tallada en estilo neogótico.

Naves Laterales: Dos naves laterales a la central, poseen altares neoclásicos dedicados a diversos santos, al fondo las naves se encuentran rematadas por grandes altares, uno del lado oriente dedicado al Señor de La Sacristía y otro del lado poniente dedicado al Sagrado Corazón patrono de la Ciudad.

Descripción Arquitectónica

El Interior.-
El interior del edificio contrasta con exterior, ya que es de estilo dórico y consta de tres naves, estando la central sostenida por catorce columnas. Además, anexas a las naves laterales, se tienen cuatro capillas delicadamente decoradas y múltiples retablos neoclásicos a lo largo de las dos naves laterales.

Cúpula Central.-

La cúpula principal se encuentra revestida por azulejos y por dentro está soportada por un enorme tambor circular. También existe otra cúpula que corona una de las capillas de la construcción.

Torres

Las dos torres gemelas, cada una de tres cuerpos y 62 m de altura (66 si se consideran las cruces en los remates) franquean la portada del templo, lo que le da al edificio un aspecto imponente, pero no exento de gracia y equilibrio. Una de las torres tiene como remate una cruz de hierro, que simboliza la naturaleza divina de Cristo, mientras que la otra torre tiene por remate una cruz de piedra, que representa la naturaleza humana de Jesús.
Torre Oriente.
Torre Poniente.